ウィンドウやマウスを使うための仕組みを提供する一連のプログラムをウィンドウシステムと呼びます。
UNIX で標準的に用いられるウィンドウシステムは X Window System です。
これを単に X と呼ぶこともあります。
これまでに紹介したコマンドは，コマンドを実行したウィンドウ内に出力が文字で表示されるものばかりでしたが，UNIX にも，Windows XP 等で動く一般的なアプリケーションソフトウェアと同様に，新しいウィンドウが開いてそこに絵が表示されたり，マウスを使って操作できるコマンドが存在します。
これらは実行時に X を必要とするので9，X アプリケーションと呼ばれることがあります。